ProteinProspector差不多是实验室里的官方软件，用来预测蛋白酶解的产物和多肽的序列离子，解谱几乎都用这个软件做参考。质谱是相当精确的仪器，预测的数值和实验得到的结果一般误差也就在0.2以下，这个软件用了这么久，从没有怀疑过它的准确性。

这段时间在做phosphopeptide的修饰，因为不是标准的多肽，我需要将修饰的氨基酸残基的元素组成自己输进去，结果昨天一个硼化物修饰的phosphopeptide，怎么算都和我自己预测的质量差了十几。总质量的计算并不复杂，我一般都会自己先算出来，用它来检验程序计算的结果。并不是我不相信程序，只是害怕自己把元素组成输错了而已，然后参照程序计算出的序列离子的m/z来解谱。所以，看到质量不对我的第一反应是把元素组成算错了，我一步步地从未修饰的多肽，到磷酸化的多肽，再到修饰的磷酸化多肽，怎么算都没看出哪错了。为了避免低级错误，连7＋6这样的计算都是用计算器按的，折腾了半天还是找不到问题所在。最后实在想不出别的问题了，我按照它提供的总元素组成用另一个专门计算分子量的软件算了一下，得到的数字和我自己算出来的结果一样。这就是说，程序出错了，它甚至都给出了正确的元素组成都计算不出正确的分子量，太令我吃惊了。

我把电脑重启，再算，还是错的。过了一天再试，依然错，这下我彻底相信程序有bug了，浪费了我这么多时间，犯的居然这么低级的错误！

 

最近超级忙的在做实验，有趣的故事挺多的可惜都太学术了。